學校成立于1960年，前身是1953年成立的昆明中醫(yī)進修學校，1960年云南中醫(yī)學院正式掛牌成立，是全國第二批成立的高等中醫(yī)藥本科院校，1986年獲碩士學位授予權(quán)，2016年成為云南省人民政府與國家中醫(yī)藥管理局共建高校，2018年成為博士學位授予單位，同年更名為云南中醫(yī)藥大學，成為國家中醫(yī)藥臨床研究基地。學校秉承“崇德和合、博學敦行”的校訓精神，已發(fā)展成為以中醫(yī)藥為主體、民族醫(yī)藥為特色，以本科教育為基礎(chǔ)，研究生教育規(guī)模不斷擴大，繼續(xù)教育和對外教育呈現(xiàn)良好態(tài)勢，醫(yī)、理、工、管多學科協(xié)調(diào)發(fā)展的綜合性中醫(yī)藥院校。

學?，F(xiàn)有呈貢和白塔(含和平村)兩個校區(qū)，總占地面積778.78 畝，總建筑面積33.42 萬平方米。

截至2023年2月3日，學校有全日制學生1.5萬余人。其中，本科生1.3萬余人，碩士研究生2275人，博士研究生32人，留學生181人。有11個學院、2個公共課教學部。有17個國家中醫(yī)藥管理局重點學科、14個省級重點學科，1個中醫(yī)學一級學科博士學位授權(quán)點，4個一級學科碩士學位授權(quán)點，5個碩士專業(yè)學位授權(quán)點;省級立項建設(shè)4個博士學位授權(quán)點，4個碩士學位授權(quán)點。有25個本科專業(yè)，其中，4個國家一流專業(yè)建設(shè)點，2個國家級特色專業(yè)、1個國家級綜合改革試點專業(yè)，12個省級一流專業(yè)建設(shè)點，3個省級綜合改革試點專業(yè)，5個省級特色專業(yè)，2個云南八大重點產(chǎn)業(yè)引領(lǐng)品牌專業(yè)，200余項省級以上質(zhì)量工程項目。有實踐教學基地140余個，其中，直屬附屬醫(yī)院2所，非直屬附屬醫(yī)院13所?，F(xiàn)有紙本藏書110余萬冊，是國家教育信息化試點單位。

學?，F(xiàn)有在職在編教職工851人，其中博士人數(shù)236人，占在職在編教職工比例為27.73%，碩士人數(shù)455人，占在職在編教職工比例為53.47%，學歷、學緣、職稱結(jié)構(gòu)合理。有博士研究生導師18人，享受國務(wù)院政府特殊津貼專家8人，國家有突出貢獻優(yōu)秀專業(yè)技術(shù)人員1人，全國名中醫(yī)3人，岐黃學者1人，青年岐黃學者1人，國家衛(wèi)計委突出貢獻中青年專家1人，衛(wèi)生部有突出貢獻的中青年專家1人，教育部新世紀優(yōu)秀人才支持計劃入選者1人，全國中醫(yī)藥高校教學名師1人，云南省興滇英才支持計劃一層次4人、二層次38人，云南省有突出貢獻優(yōu)秀專業(yè)技術(shù)人員二等獎2人，云南省有突出貢獻優(yōu)秀專業(yè)技術(shù)人員三等獎12人，享受云南省政府特殊津貼專家19人，云南省中青年學術(shù)和技術(shù)帶頭人21人、后備人才13人;技術(shù)創(chuàng)新人才4人、培養(yǎng)對象3人;云南省國醫(yī)名師4人、名中醫(yī)36人、榮譽名中醫(yī)32人;云南省中醫(yī)藥領(lǐng)軍人才及培養(yǎng)對象8人、云南省中醫(yī)藥學科帶頭人及培養(yǎng)對象17人，云南省中醫(yī)藥后備人才26人;云南省優(yōu)秀青年中醫(yī)4人;寧夏回族自治區(qū)“國內(nèi)引才312計劃”1人、云南省第一期會計領(lǐng)軍人才(行政事業(yè)類)1人;全國中醫(yī)藥創(chuàng)新骨干人才培養(yǎng)對象3人、全國中醫(yī)護理骨干人才4人，全國中醫(yī)臨床優(yōu)秀人才及培養(yǎng)對象11人，全國中醫(yī)臨床特色技術(shù)傳承骨干人才培養(yǎng)對象2人，全國中藥特色技術(shù)人才及培養(yǎng)對象5人，全國中醫(yī)藥特色技術(shù)傳承人才1人，全國西學中骨干人才培養(yǎng)對象1人，中醫(yī)藥國際化人才培養(yǎng)對象4人，全國中醫(yī)藥行業(yè)會計領(lǐng)軍人才及培養(yǎng)對象4人，全國青年檔案業(yè)務(wù)骨干1人，云南省知識產(chǎn)權(quán)高層次人才1人。聘請129名國內(nèi)外知名教授和專家擔任名譽校長、客座教授、名譽教授。

60余年來，幾代名醫(yī)名家傾囊相授，潛心育人，培養(yǎng)了8.9萬名中醫(yī)藥專門人才。有的植根云嶺，造福桑梓，有的遠涉重洋，光大中醫(yī)，涌現(xiàn)出中國工程院院士、國家科技進步一等獎、何梁何利獎獲得者朱兆云;旅法中醫(yī)專家、時空針灸創(chuàng)始人、法國榮譽軍團騎士勛章獲得者朱勉生;軍中國醫(yī)名師寧亞功;中國中醫(yī)科學院首席研究員、廣安門醫(yī)院原院長王階;全國民族團結(jié)進步先進個人陳本善;中國人民大學教授、教育部高校思想政治理論課教師、2014年度影響力標兵人物王向明等一大批享譽國內(nèi)外的杰出校友。

學校聚焦民族醫(yī)藥、滇南醫(yī)藥、南藥研究三大科研集群，擁有省級重點實驗室3個、工程(技術(shù))研究中心3個、中醫(yī)藥臨床評價研究中心1個，工程實驗室1個、公共科技服務(wù)平臺2個，省級創(chuàng)新團隊5個，省級新型研發(fā)機構(gòu)1個。有國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥科研三級實驗室2個，院士專家工作站及站點18個，省級2011協(xié)同創(chuàng)新中心2個，國家中醫(yī)臨床研究基地1個，省哲學社會科學研究基地1個，省技術(shù)轉(zhuǎn)移示范機構(gòu)1個，省高校重點實驗室和工程中心21個，省高?？萍紕?chuàng)新團隊15個。推進校政、校校、校地、校企合作，打造“保健品化妝品第三方檢測、臨床評價研究、健康產(chǎn)品研發(fā)、中醫(yī)藥知識產(chǎn)權(quán)戰(zhàn)略運營中心”四大平臺，彌補云南生物醫(yī)藥和大健康產(chǎn)業(yè)科研平臺短板。與省藥監(jiān)局共建云南省中醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)發(fā)展研究院、與省科技廳共同設(shè)立“云南省科學技術(shù)廳 云南中醫(yī)藥大學應(yīng)用基礎(chǔ)研究聯(lián)合專項資金”，是云南省中醫(yī)藥政策研究中心，中國中醫(yī)科學院中醫(yī)藥數(shù)據(jù)中心云南分中心，云南省民族醫(yī)藥保護與產(chǎn)業(yè)發(fā)展研究基地。

學校建有世界唯一的中醫(yī)西學博物館;2017年7月，國家漢辦批準設(shè)立“孔子學院總部國際(西學)中醫(yī)文化推廣研究基地”。建有云南省中醫(yī)藥民族醫(yī)藥博物館，是國家中醫(yī)藥文化宣傳教育基地、云南省科普教育基地。早在1990年就代表中國與西班牙合作辦學，建立了“加泰羅尼亞-云南中醫(yī)學院”，開創(chuàng)了中國中醫(yī)藥領(lǐng)域海外辦學的先河，被載入全國中醫(yī)藥高等教育60年史冊;成立“瀾滄江—湄公河傳統(tǒng)醫(yī)藥學院”，持續(xù)開展國際傳統(tǒng)醫(yī)藥人才培養(yǎng)。從2007年發(fā)起并連續(xù)主辦10屆“大湄公河次區(qū)域傳統(tǒng)醫(yī)藥論壇”;在此基礎(chǔ)上，學校又于 2016年、2018年、2022年舉辦了3屆“瀾滄江—湄公河傳統(tǒng)醫(yī)藥學術(shù)交流會”。先后獲批“中國-緬甸中醫(yī)藥中心”和 “中國—老撾中醫(yī)藥中心”2個國家級海外中醫(yī)藥中心，在中醫(yī)西學研究方面獨樹一幟。舉辦10屆中醫(yī)西學國際論壇。為“中華文化走出去”提供了有益的借鑒。學校先后與30多個國家或地區(qū)建立了交流合作關(guān)系，是商務(wù)部認證的“中醫(yī)藥服務(wù)貿(mào)易出口基地”、國家衛(wèi)健委批準建立的中醫(yī)藥健康服務(wù)國際合作基地(云南)、云南省中醫(yī)藥國際教育基地、國際科技合作基地，已成為南亞東南亞區(qū)域最有影響力的國際傳統(tǒng)醫(yī)藥教育交流合作平臺。

欣逢盛世，中醫(yī)藥迎來了天時、地利、人和的大好發(fā)展時機。2022年11月召開的云南中醫(yī)藥大學第一次黨代會提出，今后五年學校工作的總體思路是：堅持以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，全面貫徹黨的教育方針，全面貫徹新發(fā)展理念，緊緊圍繞黨的二十大和省第十一次黨代會提出的奮斗目標，牢記為黨育人、為國育才使命，落實立德樹人根本任務(wù)，以推動高質(zhì)量發(fā)展為主線，以培養(yǎng)德智體美勞全面發(fā)展的社會主義建設(shè)者和接班人為宗旨，以深化體制機制改革為動力，實施黨建系統(tǒng)工程，促進中醫(yī)藥傳承創(chuàng)新發(fā)展，開辟一條以中醫(yī)藥為主體，民族醫(yī)藥、國際化教育為特色的內(nèi)涵發(fā)展之路，全面提高學校人才培養(yǎng)質(zhì)量，全面提升在云南經(jīng)濟社會發(fā)展中的貢獻度，全面擴大在高等中醫(yī)藥教育中的影響力，奮力邁進西部高等中醫(yī)藥院校先進行列。