上海交通大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院的前身為創(chuàng)建于1955年8月的上海第二醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部，1989年5月成立上海第二醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。2005年，上海交通大學(xué)與上海第二醫(yī)科大學(xué)強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院更名為上海交通大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。經(jīng)過多年的建設(shè)，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院已成為上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教學(xué)、科研和師資培養(yǎng)的重要基地。

上海交通大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院現(xiàn)有國家“雙一流”建設(shè)學(xué)科2個(基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、藥學(xué))，國家重點學(xué)科1個(病理學(xué)與病理生理學(xué))，教育部“211工程”重點建設(shè)學(xué)科4個(醫(yī)學(xué)分子細(xì)胞生物學(xué)、醫(yī)學(xué)免疫學(xué)、病理學(xué)與病理生理學(xué)、遺傳發(fā)育與生殖生物學(xué))，上海市高水平地方性大學(xué)建設(shè)學(xué)科2個(基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、藥學(xué))。自1984年以來，經(jīng)國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)先后建立了5個一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、生物學(xué)2個博士后流動站，15個二級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點，15個二級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點。

學(xué)院在編職工462人，其中專任教師285人，84 %獲博士學(xué)位;正高職稱75人，副高職稱110人;博士生導(dǎo)師77人，碩士生導(dǎo)師46人。中科院院士1人;國家海外高層次人才計劃2人，國家海外高層次人才計劃青年項目18人;“萬人計劃”百千萬工程領(lǐng)軍人才”1人，“萬人計劃”青年拔尖人才2人;“長江學(xué)者”特聘教授3人，“長江學(xué)者”青年項目2人;973首席科學(xué)家5人;國務(wù)院特殊津貼專家5人;人社部“百千萬人才工程”國家級人選4人;教育部“高等學(xué)校教學(xué)名師”1人，全國優(yōu)秀教師1人，“新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計劃”獲得者4人;國家杰出青年科學(xué)基金獲得者8人，國家自然科學(xué)基金委優(yōu)秀青年基金獲得者10人。在學(xué)科基地建設(shè)方面，擁有細(xì)胞分化與凋亡教育部重點實驗室、上海市免疫學(xué)研究所、生殖醫(yī)學(xué)上海市重點實驗室、腫瘤微環(huán)境與炎癥上海市重點實驗室以及上海市知識服務(wù)平臺-轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)協(xié)同創(chuàng)新中心。自2015年“人才特區(qū)”政策實施以來，現(xiàn)有特聘教授16名，優(yōu)秀青年教師計劃27名，新增本土與引進(jìn)PI團(tuán)隊34個，使課題組總數(shù)達(dá)到67個。

在卓越醫(yī)學(xué)人才培養(yǎng)方面，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院承擔(dān)了多學(xué)制(四、五、八年制)、多專業(yè)(臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、生物醫(yī)學(xué)科學(xué)、護(hù)理學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗、營養(yǎng)學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)等)，多層次(本科、碩士、博士)和多種形式(全日制、繼續(xù)教育、遠(yuǎn)程教育)的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教學(xué)工作。近年來，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院開展廣泛的教學(xué)改革工作，率先采用了“器官系統(tǒng)整合式”教學(xué)模式以及“問題為基礎(chǔ)的學(xué)習(xí)(PBL)”、“探究為基礎(chǔ)的學(xué)習(xí)(RBL)”等新型教學(xué)方法，堅持臨床醫(yī)學(xué)法文班特色教學(xué)，加強(qiáng)一流課程建設(shè)，建立了具有上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院特色的教學(xué)體系，隨著上海-渥太華聯(lián)合醫(yī)學(xué)院的建立，進(jìn)一步推動了英文班雙語教學(xué)的開展。作為上海市“本科教學(xué)教師激勵計劃”的試點單位，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院按整合課程體系所建立的19個理論教學(xué)團(tuán)隊和5個實驗教學(xué)團(tuán)隊，遵循“團(tuán)隊牽引、首席負(fù)責(zé)、全程激勵、制度保障”原則，全面推進(jìn)課程改革。同時，按學(xué)科建立了14個課程組，重點推進(jìn)師資隊伍建設(shè)和研究生教育。我院設(shè)立的全國首個生物醫(yī)學(xué)科學(xué)專業(yè)入選教育部“國家一流本科”、教育部基礎(chǔ)學(xué)科招生改革試點“強(qiáng)基計劃”、教育部“基礎(chǔ)學(xué)科拔尖學(xué)生培養(yǎng)計劃2.0”、“上海高等學(xué)校一流本科建設(shè)引領(lǐng)計劃”、“上海高等學(xué)校一流本科建設(shè)引領(lǐng)計劃”，將凝聚全院一流師資，造就具備創(chuàng)新思維、國際視野、遠(yuǎn)大理想、領(lǐng)導(dǎo)潛能的卓越醫(yī)學(xué)科學(xué)家和醫(yī)學(xué)教育家。