上海交通大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院的前身為創(chuàng)建于1955年8月的上海第二醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部，1989年5月成立上海第二醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。2005年，上海交通大學(xué)與上海第二醫(yī)科大學(xué)強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院更名為上海交通大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。經(jīng)過(guò)多年的建設(shè)，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院已成為上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教學(xué)、科研和師資培養(yǎng)的重要基地。

上海交通大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院現(xiàn)有國(guó)家“雙一流”建設(shè)學(xué)科2個(gè)(基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、藥學(xué))，國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)(病理學(xué)與病理生理學(xué))，教育部“211工程”重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科4個(gè)(醫(yī)學(xué)分子細(xì)胞生物學(xué)、醫(yī)學(xué)免疫學(xué)、病理學(xué)與病理生理學(xué)、遺傳發(fā)育與生殖生物學(xué))，上海市高水平地方性大學(xué)建設(shè)學(xué)科2個(gè)(基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、藥學(xué))。自1984年以來(lái)，經(jīng)國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)先后建立了5個(gè)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、生物學(xué)2個(gè)博士后流動(dòng)站，15個(gè)二級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，15個(gè)二級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。

學(xué)院在編職工462人，其中專任教師285人，84 %獲博士學(xué)位;正高職稱75人，副高職稱110人;博士生導(dǎo)師77人，碩士生導(dǎo)師46人。中科院院士1人;國(guó)家海外高層次人才計(jì)劃2人，國(guó)家海外高層次人才計(jì)劃青年項(xiàng)目18人;“萬(wàn)人計(jì)劃”百千萬(wàn)工程領(lǐng)軍人才”1人，“萬(wàn)人計(jì)劃”青年拔尖人才2人;“長(zhǎng)江學(xué)者”特聘教授3人，“長(zhǎng)江學(xué)者”青年項(xiàng)目2人;973首席科學(xué)家5人;國(guó)務(wù)院特殊津貼專家5人;人社部“百千萬(wàn)人才工程”國(guó)家級(jí)人選4人;教育部“高等學(xué)校教學(xué)名師”1人，全國(guó)優(yōu)秀教師1人，“新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計(jì)劃”獲得者4人;國(guó)家杰出青年科學(xué)基金獲得者8人，國(guó)家自然科學(xué)基金委優(yōu)秀青年基金獲得者10人。在學(xué)科基地建設(shè)方面，擁有細(xì)胞分化與凋亡教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、上海市免疫學(xué)研究所、生殖醫(yī)學(xué)上海市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、腫瘤微環(huán)境與炎癥上海市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室以及上海市知識(shí)服務(wù)平臺(tái)-轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)協(xié)同創(chuàng)新中心。自2015年“人才特區(qū)”政策實(shí)施以來(lái)，現(xiàn)有特聘教授16名，優(yōu)秀青年教師計(jì)劃27名，新增本土與引進(jìn)PI團(tuán)隊(duì)34個(gè)，使課題組總數(shù)達(dá)到67個(gè)。

在卓越醫(yī)學(xué)人才培養(yǎng)方面，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院承擔(dān)了多學(xué)制(四、五、八年制)、多專業(yè)(臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、生物醫(yī)學(xué)科學(xué)、護(hù)理學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)、營(yíng)養(yǎng)學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)等)，多層次(本科、碩士、博士)和多種形式(全日制、繼續(xù)教育、遠(yuǎn)程教育)的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教學(xué)工作。近年來(lái)，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院開(kāi)展廣泛的教學(xué)改革工作，率先采用了“器官系統(tǒng)整合式”教學(xué)模式以及“問(wèn)題為基礎(chǔ)的學(xué)習(xí)(PBL)”、“探究為基礎(chǔ)的學(xué)習(xí)(RBL)”等新型教學(xué)方法，堅(jiān)持臨床醫(yī)學(xué)法文班特色教學(xué)，加強(qiáng)一流課程建設(shè)，建立了具有上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院特色的教學(xué)體系，隨著上海-渥太華聯(lián)合醫(yī)學(xué)院的建立，進(jìn)一步推動(dòng)了英文班雙語(yǔ)教學(xué)的開(kāi)展。作為上海市“本科教學(xué)教師激勵(lì)計(jì)劃”的試點(diǎn)單位，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院按整合課程體系所建立的19個(gè)理論教學(xué)團(tuán)隊(duì)和5個(gè)實(shí)驗(yàn)教學(xué)團(tuán)隊(duì)，遵循“團(tuán)隊(duì)牽引、首席負(fù)責(zé)、全程激勵(lì)、制度保障”原則，全面推進(jìn)課程改革。同時(shí)，按學(xué)科建立了14個(gè)課程組，重點(diǎn)推進(jìn)師資隊(duì)伍建設(shè)和研究生教育。我院設(shè)立的全國(guó)首個(gè)生物醫(yī)學(xué)科學(xué)專業(yè)入選教育部“國(guó)家一流本科”、教育部基礎(chǔ)學(xué)科招生改革試點(diǎn)“強(qiáng)基計(jì)劃”、教育部“基礎(chǔ)學(xué)科拔尖學(xué)生培養(yǎng)計(jì)劃2.0”、“上海高等學(xué)校一流本科建設(shè)引領(lǐng)計(jì)劃”、“上海高等學(xué)校一流本科建設(shè)引領(lǐng)計(jì)劃”，將凝聚全院一流師資，造就具備創(chuàng)新思維、國(guó)際視野、遠(yuǎn)大理想、領(lǐng)導(dǎo)潛能的卓越醫(yī)學(xué)科學(xué)家和醫(yī)學(xué)教育家。