上海交通大學基礎醫(yī)學院的前身為創(chuàng)建于1955年8月的上海第二醫(yī)學院基礎醫(yī)學部，1989年5月成立上海第二醫(yī)科大學基礎醫(yī)學院。2005年，上海交通大學與上海第二醫(yī)科大學強強聯(lián)合，基礎醫(yī)學院更名為上海交通大學基礎醫(yī)學院。經(jīng)過多年的建設，基礎醫(yī)學院已成為上海交通大學醫(yī)學院基礎醫(yī)學教學、科研和師資培養(yǎng)的重要基地。

上海交通大學基礎醫(yī)學院現(xiàn)有國家“雙一流”建設學科2個(基礎醫(yī)學、藥學)，國家重點學科1個(病理學與病理生理學)，教育部“211工程”重點建設學科4個(醫(yī)學分子細胞生物學、醫(yī)學免疫學、病理學與病理生理學、遺傳發(fā)育與生殖生物學)，上海市高水平地方性大學建設學科2個(基礎醫(yī)學、藥學)。自1984年以來，經(jīng)國務院學位委員會批準先后建立了5個一級學科博士學位授權點，基礎醫(yī)學、生物學2個博士后流動站，15個二級學科博士學位授權點，15個二級學科碩士學位授權點。

學院在編職工462人，其中專任教師285人，84 %獲博士學位;正高職稱75人，副高職稱110人;博士生導師77人，碩士生導師46人。中科院院士1人;國家海外高層次人才計劃2人，國家海外高層次人才計劃青年項目18人;“萬人計劃”百千萬工程領軍人才”1人，“萬人計劃”青年拔尖人才2人;“長江學者”特聘教授3人，“長江學者”青年項目2人;973首席科學家5人;國務院特殊津貼專家5人;人社部“百千萬人才工程”國家級人選4人;教育部“高等學校教學名師”1人，全國優(yōu)秀教師1人，“新世紀優(yōu)秀人才支持計劃”獲得者4人;國家杰出青年科學基金獲得者8人，國家自然科學基金委優(yōu)秀青年基金獲得者10人。在學科基地建設方面，擁有細胞分化與凋亡教育部重點實驗室、上海市免疫學研究所、生殖醫(yī)學上海市重點實驗室、腫瘤微環(huán)境與炎癥上海市重點實驗室以及上海市知識服務平臺-轉化醫(yī)學協(xié)同創(chuàng)新中心。自2015年“人才特區(qū)”政策實施以來，現(xiàn)有特聘教授16名，優(yōu)秀青年教師計劃27名，新增本土與引進PI團隊34個，使課題組總數(shù)達到67個。

在卓越醫(yī)學人才培養(yǎng)方面，基礎醫(yī)學院承擔了多學制(四、五、八年制)、多專業(yè)(臨床醫(yī)學、口腔醫(yī)學、生物醫(yī)學科學、護理學、醫(yī)學檢驗、營養(yǎng)學、預防醫(yī)學等)，多層次(本科、碩士、博士)和多種形式(全日制、繼續(xù)教育、遠程教育)的基礎醫(yī)學教學工作。近年來，基礎醫(yī)學院開展廣泛的教學改革工作，率先采用了“器官系統(tǒng)整合式”教學模式以及“問題為基礎的學習(PBL)”、“探究為基礎的學習(RBL)”等新型教學方法，堅持臨床醫(yī)學法文班特色教學，加強一流課程建設，建立了具有上海交通大學醫(yī)學院特色的教學體系，隨著上海-渥太華聯(lián)合醫(yī)學院的建立，進一步推動了英文班雙語教學的開展。作為上海市“本科教學教師激勵計劃”的試點單位，基礎醫(yī)學院按整合課程體系所建立的19個理論教學團隊和5個實驗教學團隊，遵循“團隊牽引、首席負責、全程激勵、制度保障”原則，全面推進課程改革。同時，按學科建立了14個課程組，重點推進師資隊伍建設和研究生教育。我院設立的全國首個生物醫(yī)學科學專業(yè)入選教育部“國家一流本科”、教育部基礎學科招生改革試點“強基計劃”、教育部“基礎學科拔尖學生培養(yǎng)計劃2.0”、“上海高等學校一流本科建設引領計劃”、“上海高等學校一流本科建設引領計劃”，將凝聚全院一流師資，造就具備創(chuàng)新思維、國際視野、遠大理想、領導潛能的卓越醫(yī)學科學家和醫(yī)學教育家。